Marco abierto de lectura

Orf frame

In genetics, the open reading frame (ORF) is the name given to each of the DNA sequences between a translation start codon (ATG) and a termination codon, minus the sequences corresponding to the introns, if any. It is bounded by the UTRs, or untranslated sequences.

In any DNA sequence there are, a priori, 6 possible directions in which open reading frames can appear; given that each codon takes 3 nucleotides, there are 3 possible starting places to take the nucleotides 3 by 3, if a fourth nucleotide is taken as a starting place, it would make the open reading frame coincide with the same as if the first nucleotide is taken. To which must be added the other 3 possible open reading frames if the DNA is translated taking the complementary strand as a template, giving the opposite reading direction.

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Orf proteina

plotorf traza potenciales marcos abiertos de lectura (ORFs) para una secuencia de nucleótidos de entrada. Los ORFs en este programa se definen como regiones entre los codones START y STOP especificados. Se muestra una representación gráfica de dónde se encuentran los marcos de lectura abiertos en los 6 marcos de lectura. Los ORFs se muestran como cajas azules.

Los ORFs en este programa se definen como regiones entre los codones START y STOP. El codón START por defecto es: ATG. Los codones STOP por defecto son: TAA,TAG,TGA. Puede especificar su propio conjunto de codones de inicio y parada utilizando los calificadores -start y -stop.

Los ORFs en este programa se definen como regiones entre los codones START y STOP. Esta definición pasaría por alto aquellos exones en secuencias genómicas eucariotas que no contienen un codón START. Por lo tanto, plotorf sólo es realmente útil cuando se trata de secuencias procariotas o eucariotas de ARNm.

Orf marco de lectura

Las regiones de ADN que codifican proteínas se transcriben primero en ARN mensajero y luego se traducen en proteínas.    Examinando sólo la secuencia de ADN podemos determinar la secuencia de aminoácidos que aparecerán en la proteína final.    En la traducción, los codones de tres nucleótidos determinan qué aminoácido se añadirá a continuación en la cadena proteica en crecimiento.    Por tanto, es importante decidir con qué nucleótido se inicia la traducción y cuándo se detiene, lo que se denomina marco de lectura abierto.

Una vez secuenciado un gen, es importante determinar el marco de lectura abierto (ORF) correcto.    Cada región de ADN tiene seis marcos de lectura posibles, tres en cada dirección. El marco de lectura utilizado determina los aminoácidos que codificará un gen. Normalmente, sólo se utiliza un marco de lectura para traducir un gen (en eucariotas), y éste suele ser el marco de lectura abierto más largo. Una vez que se conoce el marco de lectura abierto, la secuencia de ADN puede traducirse en su correspondiente secuencia de aminoácidos.    Un marco de lectura abierto comienza con un atg (Met) en la mayoría de las especies y termina con un codón de parada (taa, tag o tga).

Marco de lectura del arnm

Un marco de lectura abierto, en relación con la genómica, es una porción de una secuencia de ADN que no incluye un codón de parada (que funciona como señal de parada). Un codón es una secuencia de ADN o ARN de tres nucleótidos (un trinucleótido) que forma una unidad de información genómica que codifica un aminoácido particular o señala la terminación de la síntesis de proteínas (codón de parada). Existen 64 codones diferentes: 61 especifican aminoácidos y 3 se utilizan como codones de parada. Un marco de lectura abierto largo suele formar parte de un gen (es decir, una secuencia que codifica directamente una proteína).